Theo báo cáo của Kiểm toán Nhà nước năm 2020 chỉ ra rằng, báo cáo thẩm định chưa đề cập đến giá của gói thầu, cơ sở thẩm định giá, có gói thầu chưa có danh mục thiết bị đi kèm làm cơ sở thẩm định, có gói thầu định giá phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu căn cứ vào thẩm định giá đã hết hiệu lực ở gói thầu "đề án tăng cường năng lực trang thiết bị phục vụ nghiên cứu khoa học và đào tạo Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, chứng thư thẩm định hết hiệu lực 425 ngày” là chưa tuân thủ Điều 34, Luật đấu thầu và Thông tư số 28/2015/TT-BTC ngày 6/3/2015 của Bộ Tài chính; chưa thực hiện đấu thầu, đấu giá cho thuê cơ sở vật chất; chưa điều chỉnh giá phù hợp thị trường và thực tế.
Việc sử dụng kinh phí các đề tài nghiên cứu khoa học công nghệ cấp ĐHQG để chi cho mua sắm dự án trang thiết bị tăng cường năng lực nghiên cứu cho Phòng thí nghiệm nghiên cứu và Phát triển du lịch phía Nam của Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn là 1.500 triệu đồng khi chưa có thuyết minh cơ sở điều chỉnh và chưa có văn bản thống nhất của Bộ Tài chính và Bộ Khoa học và Công nghệ là không phù hợp với văn bản hướng dẫn của Bộ Khoa học và Công nghệ số 3966/BKHCN-KHTC ngày 10/12/2019 và quy định của Luật NSNN, đồng thời đến 30/10/2019 mới lập dự án, 27/12/2019 mới phê duyệt dự án là chưa đúng theo quy định tại Quyết định số 59/QĐ-ĐHQG-HCM ngày 15/01/2018.
Chi NSNN thực hiện năm 2020 là 793.254 triệu đồng, bằng 98% dự toán giao. Trong đó, chi kinh phí không thường xuyên sự nghiệp giáo dục đạt 77% do việc thực hiện dự án tăng cường năng lực dạy và học tại Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn còn chậm 16.212,6 triệu đồng.
Dự án tại thời điểm phê duyệt dự án chưa có ý kiến của đơn vị chuyên môn về phòng cháy chữa cháy là chưa phù hợp điều 13 và khoản 2, khoản 11 Phụ lục IV Nghị định số 79/2014/NĐ-CP (dự án xây dựng công trình nhà NV.B4-1 của Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn). Sử dụng kinh phí còn dư để chi các hoạt động khác không đúng nhiệm vụ được giao, trong đó: Kinh phí đào tạo cử nhân tài năng 32,7 triệu.
Một số đơn vị trong công tác quản lý, theo dõi chưa sát sao dẫn đến tình trạng sinh viên còn nợ đọng học phí tương đối lớn chưa thu được do nhiều sinh viên đã bỏ học, buộc thôi học còn nhiều. Tính đến 31/12/2020, số nợ đọng học phí chưa thu được trong đó Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn là 6.583 triệu đồng.
Tạm ứng kinh phí đề tài NCKH đã thực hiện nhưng chưa hoàn thiện chứng từ để hoàn ứng nhiều khoản tạm ứng dây dưa kéo dài chưa thu hồi trước đó nhưng lại tiếp tục cho phép tạm ứng.
Việc quy định cho phép người học được bảo lưu kết quả học dự bị tiến sĩ để tính vào tín chỉ tích luỹ nếu được tuyển sinh chính thức khi chưa trúng tuyển đầu vào là chưa phù hợp tại Điều 5, Thông tư số 08/2017/TT-BGDĐT ngày 04/04/2017 của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Mặt khác, tại Khoản 2 Điều 9 Thông tư số 08/2017/TT-BGDĐT quy định thời gian đào tạo trình độ tiến sĩ được xác định từ khi có quyết định công nhận nghiên cứu sinh. Số học viên dự bị tiến sĩ đào tạo của Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn là 64 học viên (năm 2020: 30 học viên; năm 2021: 34 học viên).
Ngoài ra,Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn trực thuộc ĐHQG- TP HCM tự chủ 1 phần còn tình trạng ký hợp đồng lao động đối với một số lao động thực hiện nhiệm vụ chuyên môn nghiệp vụ chưa phù hợp với quy định tại Khoản 3 điều 3 Nghị định 16/1/2018/NĐ-CP (Không thực hiện việc ký hợp đồng lao động đối với các đối tượng sau).
Những người làm công việc chuyên môn, nghiệp vụ ở các vị trí việc làm đã được xác định là công chức trong các cơ quan hành chính hoặc là viên chức trong đơn vị sự nghiệp công lập do Nhà nước bảo đảm toàn bộ hoặc một phần chi thường xuyên. Số người 195 người (thuộc 14 đơn vị) số chi từ nguồn ngân sách nhà nước 2.080 triệu đồng; từ nguồn thu sự nghiệp 5.676 triệu đồng. Trong đó Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn 37 người.