Qua thanh tra cho thấy, ngày 2/12/2008, UBND thành phố Hà Nội có Văn bản số 3623/UBND-TNMT cho phép Công ty TOCONTAP lập Dự án Đầu tư xây dựng văn phòng làm việc và thương mại tại số 36 phố Bà Triệu và được thuê đất để thực hiện dự án.
Tuy nhiên, ngày 10/12/2008, HĐND thành phố ban hành Nghị quyết số 18/2008/NQ-HĐND về Đề án Quản lý nhà biệt thự trên địa bàn thành phố Hà Nội. Theo đó, nhà đất số 36 phố Bà Triệu thuộc danh mục 46 biệt thự thành phố quản lý, doanh nghiệp thuê - không bán. Đây là nhà biệt thự chuyên dùng do Công ty TNHH MTV Quản lý và Phát triển nhà Hà Nội quản lý, ký hợp đồng cho Công ty TOCONTAP thuê.
Tại thời điểm đề nghị cấp giấy chứng nhận đầu tư, nhà đất tại số 36 phố Bà Triệu chưa được UBND thành phố phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý cơ sở nhà đất thuộc sở hữu Nhà nước theo Quyết định số 09/2007/QĐ TTg ngày 19/1/2007 và Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Căn cứ quy định tại Khoản 4 Điều 1 Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg và Khoản 3 Điều 1 Nghị quyết số 18/2008/NQ-HĐND của HĐND thành phố, nhà đất tại số 36 phố Bà Triệu chưa đủ điều kiện để thực hiện bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất.
Khi thẩm tra hồ sơ cấp giấy chứng nhận đầu tư, Sở Kế hoạch và Đầu tư không lấy ý kiến của Sở Xây dựng là cơ quan thực hiện chức năng quản lý Nhà nước đối với quỹ nhà chuyên dùng theo quy định là chưa đảm bảo chặt chẽ theo quy định.
Mặt khác, ngày 2/12/2008, UBND thành phố có Văn bản số 3623/UBND-TNMT chấp thuận cho Công ty TOCONTAP được lập Dự án Đầu tư xây dựng văn phòng làm việc và thương mại tại số 36 phố Bà Triệu đến thời điểm Sở Kế hoạch và Đầu tư có Báo cáo thẩm tra cấp giấy chứng nhận đầu tư số 149 BC-KH&ĐT ngày 20/2/2013 là hơn 4 năm kể từ ngày UBND thành phố chấp thuận đề xuất đầu tư, Công ty TOCONTAP mới nộp hồ sơ đề nghị cấp giấy chứng nhận đầu tư. Theo quy định, việc Sở Kế hoạch và Đầu tư đề xuất cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty TOCONTAP là không đúng quy định.
Kể từ thời điểm được cấp giấy chứng nhận đầu tư ngày 14/02 2014 đến nay, chủ đầu tư dự án chưa thực hiện đầu tư, nhưng Sở Kế hoạch và Đầu tư không tham mưu cho UBND thành phố thu hồi giấy chứng nhận đầu tư theo quy định là chưa làm hết trách nhiệm.
Về việc tham mưu thu hồi đất giao đất để thực hiện dự án, cơ quan thanh tra xác định, tại thời điểm năm 2014, nhà đất số 36 phố Bà Triệu vẫn thuộc danh mục các biệt thự thành phố quản lý, doanh nghiệp thuê không bán theo Nghị quyết số 18/2008/ NQ-HĐND của HĐND thành phố. UBND thành phố chưa có phương án xử lý, sắp xếp đối với nhà đất tại địa chỉ số 36 phố Bà Triệu.
Công ty TOCONTAP không nộp tiền thuê nhà, đất từ năm 2013, không thực hiện nghĩa vụ của người sử dụng đất theo quy định. Thế nhưng, khi Sở Tài nguyên và Môi trường có văn bản đề nghị Sở Xây dựng thực hiện xác lập sở hữu toàn dân, Sở Xây dựng không thông tin về việc nhà đất tại số 36 phố Bà Triệu thuộc danh mục không bán. Đây là một phần nguyên nhân dẫn đến việc Sở Tài nguyên và Môi trường đề nghị UBND thành phố thu hồi đất, cho Công ty TOCONTAP thuê đất tại số 36 phố Bà Triệu là trái quy định tại Điều 56 về cho thuê đất và khoản 1 Điều 118 Luật Đất đai năm 2013.
Mặt khác, tại Tờ trình số 7409/TTr-STNMT-ĐKTK ngày 11/12/2014, Sở Tài nguyên và Môi trường đề nghị UBND thành phố cho Công ty TOCONTAP và Công ty CP Đầu tư phát triển Hưng Lâm thuê đất để thực hiện dự án đầu tư.
Công ty CP Đầu tư phát triển Hưng Lâm không phải là nhà đầu tư cùng với Công ty TOCONTAP tại Giấy chứng nhận đầu tư số 01121001680 ngày 14/2/2014 do UBND thành phố cấp.
Việc Sở Tài nguyên và Môi trường chỉ căn cứ vào thỏa thuận giữa hai đơn vị nêu trên, không nêu được căn cứ pháp lý để thay đổi pháp nhân thuê đất so với pháp nhân đã được UBND thành phố chấp thuận tại giấy chứng nhận đầu tư tại Tờ trình số 7409 TTr-STNMT-ĐKTK ngày 11/12/2014 là chưa có căn cứ pháp lý để thực hiện.
Tuy nhiên, Sở Tài nguyên và Môi trường đã yêu cầu hai đơn vị có trách nhiệm làm thủ tục đăng ký điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư theo quy định.