Thanh tra Chính phủ đã ban hành kết luận thanh tra số 1739/KL-TTCP về việc chấp hành pháp luật trong công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng; công tác quản lý, sử dụng đất đai và đầu tư xây dựng, công trình; công tác quản lý hoạt động khai thác cát trên địa bàn tỉnh Đồng Nai. Qua đó, xác định nhiều bất cập, sai phạm liên quan đến Cục Thuế tỉnh Đồng Nai.
Theo kết luận, công tác quản lý sử dụng đất và đầu tư xây dựng của tỉnh Đồng Nai được xác định còn bộc lộ một số hạn chế, thiếu sót với số tiền sai phạm đã xác định được là hơn 335 tỷ đồng; nợ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đến ngày 31/12/2018 cần được đôn đốc thu nộp ngân sách nhà nước là hơn 153 tỷ đồng.
Để xảy ra các hạn chế, thiếu sót nêu trên, Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm thuộc về Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Đồng Nai.
Thanh tra Chính phủ đã chỉ rõ những sai phạm của Cục thuế tỉnh Đồng Nai với những sai phạm: Thứ nhất, chậm xác định tiền thuê đất đối với phần diện tích cho thuê của một dự án trung tâm thương mại tại Long Thành.
Thứ hai, chậm xác định và thông báo tiền phải nộp đối với các dự án được gia hạn thời gian sử dụng đất theo quy định nêu tại khoản 3, Điều 2, Thông tư số 333/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Thứ ba, giảm tiền thuê đất đối với 03 dự án thuộc Khu liên hợp công nông nghiệp Dofico không đúng quy định tại khoản 3, Điều 6, Nghị định 210/2013/NĐ-CP, cụ thể: Dự án đầu tư xây dựng hạ tầng Khu chăn nuôi tập trung tại vị trí 3A; Dự án đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật Khu trồng trọt chăn nuôi tập trung tại vị trí 3B; Dự án đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật Khu trồng trọt và chế biến thực phẩm vị trí 3C.
Thứ tư, Cục thuế tỉnh Đồng Nai đã miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản đối với dự án Khu công nghiệp Amata - Công ty cổ phần Đô thị Amata Biên Hòa khi chưa đủ điều kiện miễn giảm theo quy định.
Theo Thanh tra Chính phủ, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai ban hành Quyết định số 34/QĐ-CT ngày 14/02/2015 miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản đối với Công ty cổ phần Amata - Việt Nam (nay là Công ty Cổ phần Đô thị Amata Biên Hòa) tại Dự án Đầu tư xây dựng, kinh doanh hạ tầng Khu công nghiệp Amata (giai đoạn II, mở rộng lần 2), tại phường Long Bình, TP. Biên Hòa với số tiền là 5.445.411.321 đồng trong khi Công ty không có giấy phép xây dựng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp là chưa đúng quy định của pháp luật nêu tại điểm b.1 khoản 6 Điều 39 Thông tư số 28/2011/TT-BTC và điểm c.2 khoản 5 Điều 46 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính; khoản 6 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP của Chính phủ.
Đồng thời, theo kết luận thanh tra, ngoài hơn 5,5 tỷ đồng tiền thuê đất được miễn không đúng quy định, dự án Khu công nghiệp Amata buộc phải nộp ngay vào ngân sách Nhà nước 22.296.192.125 đồng (nằm trong 335 tỷ đồng tiền sai phạm xác định được liên quan đến công tác quản lý sử dụng đất và đầu tư xây dựng tại Đồng Nai).
