Qua kiểm tra rà soát của các sở, ngành tỉnh Đồng Nai, UBND TP Biên Hòa và UBND phường Phước Tân, dự án này chưa được chấp thuận chủ trương đầu tư, chưa hoàn thiện thủ tục về đất đai, dù đã đi vào hoạt động từ năm 2007. Tại dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đã xây dựng các công trình trên đất để sử dụng vào mục đích thương mại, dịch vụ với diện tích hơn 32.000 m2. Trong đó, chỉ có 8.500m2 đã được chuyển đổi mục đích sử dụng đất, còn lại xây trên đất nông nghiệp, đất ở.
Năm 2005 UBND tỉnh Đồng Nai có quyết định chấp thuận chủ trương và giới thiệu địa điểm cho bà Dương Thị Nhã lập thủ tục đầu tư trang trại chăn nuôi với diện tích hơn 21 ha tại xã Phước Tân. Đến năm 2007, UBND tỉnh Đồng Nai chấp thuận cho DNTN trang trại Vườn Xoài chuyển mục tiêu đầu tư sang khu du lịch sinh thái, vui chơi giải trí, đồng thời bổ sung diện tích lên 31 ha. Đến năm 2009, UBND huyện Long Thành (trước khi sáp nhập phường xã Phước Tân về TP Biên Hòa 2010) ban hành 4 quyết định cho phép DNTN trang trại Vườn Xoài chuyển mục đích sử dụng đất từ các loại đất nông nghiệp, đất rừng trồng sản xuất, đất trồng lúa nước sang sản xuất kinh doanh với diện tích hơn 8.500m2. Sau đó, năm 2014, UBND tỉnh Đồng Nai thỏa thuận địa điểm cho Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đầu tư dự án khu vui chơi, giải trí, nghỉ dưỡng diện tích hơn 32 ha.
Năm 2016, UBND tỉnh Đồng Nai mới phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng 1/500 điểm du lịch và thương mại dịch vụ. Nhưng trước năm 2016, hàng loạt công trình được xây dựng đi vào hoạt động. UBND xã Phước Tân kiểm tra hiện trạng sử dụng đất ngày 13/7/2015 ghi nhận trong Khu du lịch này đã xây dựng nhà hàng, khách sạn, nhà thi đấu. Trong khi đó, Sở Xây dựng Đồng Nai xác định chưa cấp giấy phép xây dựng cho các công trình tại dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài. Ngoài ra, qua chồng ghép hiện trạng các công trình xây dựng tại khu vực dự án lên bản đồ quy hoạch chi tiết 1/500 được UBND tỉnh Đồng Nai duyệt, thì nhiều công trình chưa phù hợp với quy hoạch.
Năm 2015, Thanh tra Sở Xây dựng Đồng Nai kiểm tra, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài về hành vi tổ chức thi công công trình chuồng nuôi thú không có giấy phép. Về các thủ tục đất đai, xây dựng, tài nguyên nước, phía Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai cũng đã kiểm tra và khẳng định dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đi vào hoạt động từ năm 2007 đến nay nhưng chưa được chấp thuận chủ trương. Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai Cao Tiến Dũng đã chỉ đạo thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành để xử lý các sai phạm về thực hiện các thủ tục đầu tư, đất đai, xây dựng, môi trường, tài nguyên nước...
Dù vậy mới đây Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài vẫn có văn bản gửi Tỉnh ủy, UBND Đồng Nai kiến nghị chuyển đổi từ dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài sáng đầu tư dự án khu dân cư. Lý đưa ra là để lấy kinh phí đầu tư dự án Safari. Safari là định hướng phát triển du lịch và bảo tồn động vật hoang dã mà phía Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài dự định lập kế hoạch đầu tư với diện tích hơn 410 ha tại xã Mã Đà, huyện Vĩnh Cửu trong thời gian tới nhằm chuyển các loại động vật đang được nuôi dưỡng, chăm sóc tại Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài về khu Safari do diện tích khu du lịch hiện nay tại phường Phước Tân không đáp ứng không gian để chăm sóc số lượng các loại động vật phát triển.
