Cụ thể, tại Khu du lịch cồn Cái Khế do Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ làm nhà đầu tư, năm 2009 Cục thuế TP. Cần Thơ tiến hành xác định lại tiền thuê đất theo Nghị định 142/2005/NÐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phú và tính truy thu từ thời điểm 04/11/1994 đến năm 2006 của Công ty cổ phần Du lịch Cần Thơ với số tiền là 2.243,813 triệu đồng.
Tuy nhiên, kết luận thanh tra cho rằng, theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP của Chính phủ thì Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ thuộc đối tượng phải xác định lại đơn giá thuể đất và đơn giá thuê này chỉ được áp dụng từ ngày 01/01/2006. Do đó, việc Cục thuế TP. Cần Thơ tiến hành truy thu tiền thuê đất của Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ từ năm 1994 đến năm 2005 là không đúng với quy định trên, tiền truy thu chỉ được tính từ ngày 01/01/2006 (số tiền truy thu sai quy định từ năm 1994 đến hết năm 2005 là 1.962,109 triệu đồng, chưa tính tiền phạt chậm nộp).
Ngày 19/01/2016, Cục thuế TP. Cần Thơ ra thông báo nộp tiền thuê đất năm 2016, trong đó giá thuê 32.612,6 m2 đất, loại đất thuơng mại dịch vụ (TMD) là 1.634.725.248 đồng/năm. Việc xác định giá thuê đất như trên là chưa phù hợp theo quy định tại Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính. Qua đó, Thanh tra Chính phủ nghị Cục thuế TP. Cần Thơ thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định tại khoản 2 Điều 4 Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính.
Tại dự án mở rộng làng Du lịch Mỹ Khánh (nhà đầu tư là Công ty TNHH Du lịch sinh thái Mỹ Khánh) đã tổ chức họp dân công bố quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 ngày 10/5/2012 theo quy định. Đến thời điểm tháng 6/2018, chủ đầu tư đã thỏa thuận bồi thường được khoảng 150.115 m2, đạt tỷ lệ 76,78% tổng diện tích dự án, diện tích còn lại chưa thỏa thuận bồi thường là 45.263 m2, chiếm tỷ lệ 23,22%. Đến thời điểm kiểm tra, dự án chậm tiến độ so với giấy chứng nhận đầu tư 02 năm và chủ đầu tư mới chuyển đối được 0,32 ha sang đất sản xuất kinh doanh, diện tích còn lại là đất cá nhân chưa chuyển đổi mục đích sử dụng. Tuy nhiên đã xây dựng các hạng mục theo dự án và đã đi vào hoạt động.
Trong năm 2015 và năm 2016, nhà đầu tư sử dụng không đúng mục đích 19.079 m2 đất (nguyên nhân do chưa chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất phi nông nghiệp). Tuy nhiên, nhà đầu tư đã kê khai nộp thuế sử dụng đất phi nông nghiệp năm 2017 và đã nộp thuế sử dụng sản xuất kinh doanh 19.701 m2 (trong đó có 19.079m2 đất nêu trên) vào ngân sách nhà nước đúng quy định.
Cùng với đó, tại dự án Khu đô thị và vui chơi giải trí cồn Khương (do Công ty CP Đầu tư phát triển Miền Nam làm nhà đầu tư), Thanh tra Chính phủ cũng nêu ra những tồn tại, hạn chế. Cụ thể, ngày 10/11/2017, UBND TP. Cần Thơ có Quyết định số 2954/QĐ-UBND về việc phê duyệt điều chỉnh đồ án quy hoạch chi tiết tỉ lệ xây dựng 1/2000 cho dự án. Sau khi có quyết định điều chỉnh đồ án quy hoạch, Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Cần Thơ mới thực hiện hợp đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án. Thời điểm kiểm tra, Thanh tra xác định dự án này đang thực hiện công tác đền bù, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng và tái định cư, chậm tiến độ so với kế hoạch. Nguyên nhân của việc giải phóng mặt bằng gặp khó khăn là do nhiều hộ gia đình, cá nhân không phối hợp trong việc đo đạc, kiểm đếm lập hồ sơ bồi thường, hỗ trợ và quận Ninh Kiều không còn nhà ở tái định cư.
Đối với dự án Khu đô thị sinh thái cồn Ấu có diện tích 45.640m2, kết luận thanh xác định nhà đầu tư chuyển mục đích sử dụng đất không tiếp giáp với các tuyến đường giao thông, không có trong Phụ lục Bảng giá đất ở đô thị và Bảng giá đất sản xuất kinh doanh tại Quyết định số 22/2014/QĐ-UBND ngày 26/12/2014 của UBND TP Cần Thơ quy định giá các loại đất định kỳ 5 năm ( 2014-2019).
Đồng thời, việc Sở Tài nguyên và Môi trường xác định là đất ở nông thôn và Chi cục thuế quận Cái Răng áp giá đất ở nông thôn (Phụ lục IV, khu vực 1 phường Hưng Phú) cho diện tích 45.640 m2 của dự án trong khi tại 04 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất số CG 824679 đến số CG 824682 được xác định là đất ở đô thị là chưa phù hợp với Thông tư 36/2014/TT-BTNMT ngày 30/6/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường và chưa trình HĐND TP. Cần Thơ để phê duyệt khung giá đất đối với dự án.
Từ kết quả thanh tra, Thanh tra Chính phủ yêu cầu Cục thuế TP. Cần Thơ thực hiện khấu trừ số tiền thuê đất đã truy thu của Công ty Cổ phần Du lịch Cần Thơ từ năm 1994 đến năm 2005 không đúng vói quy định tại Nghị định 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ vào kỳ nộp tiền thuê đất năm 2021 (kể cả tiền phạt chậm nộp nếu có). Thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty cố phần Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định tại Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính.
Yêu cầu chủ đầu tư dự án mở rộng Làng du lịch Mỹ Khánh thực hiện chuyển đổi diện tích đất đang sử dụng sai mục đích sang đất sản xuất kinh doanh theo đúng quy dịnh.
Chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường phối hợp với Cục thuế TP. Cần Thơ áp dụng đúng loại đất (đất ở nông thôn hay đất ở đô thị) đối với diện tích đất 45.640 m2 của dự án Khu đô thị du lịch sinh thái cồn Ấu theo quy định của pháp luật về đất đai (do ban đầu xác định loại đất ở nông thôn nhưng cấp 04 GCNQSD số CG 824679 đến số CG 824682 được xác định là đất ở đô thị). Trường hợp xác định là loại đất ở đô thị thì phải xác định lại giá đất để tính tiền sử dụng đất đảm bảo không thất thu ngân sách nhà nước.
