Liên quan đến vụ án, theo kết luận từ năm 2016 đến năm 2020, Trịnh Tiến Dũng (sinh năm 1974, được xác định cầm đầu, đang bị truy nã) chỉ đạo các đồng phạm thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hóa. Tại các nước Mỹ, Campuchia, Hong Kong (Trung Quốc), Malaysia và UAE, Dũng thành lập, sử dụng 13 pháp nhân để ký các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa. Còn tại Việt Nam, Dũng chỉ đạo Trần Hoàn Tiên, Trần Nhất Thanh, Mạc Văn Nguyện, Nguyễn Hoàng Lân, Nguyễn Thiên Phú... thành lập một số doanh nghiệp, phần lớn là các công ty “ma”.
Dũng cũng chỉ đạo chuẩn bị một số linh kiện điện tử (như ram, chip, DVD Rom, tranh gỗ...) là hàng giả, hàng nhái, hàng đã qua sử dụng, hàng có giá trị thấp, sử dụng các công ty trên lập hồ sơ nhập khẩu CD hoặc DVD Rom để chuyển tiền từ Việt Nam ra nước ngoài. Ngược lại, xuất khẩu ram, chip, tranh gỗ để chuyển tiền từ nước ngoài về Việt Nam với mục đích hoàn thuế GTGT thông qua Thuduc House, Công ty Sài Gòn Tây Nam, Công ty Hoàng Nam Anh.
Sau khi làm thủ tục xuất khẩu linh kiện điện tử đi Mỹ, Campuchia, Singapore, Hong Kong (Trung Quốc), Dũng sử dụng các công ty trong nhóm mở tờ khai làm thủ tục nhập khẩu linh kiện điện tử lẫn với các loại hàng hóa khác quay lại Việt Nam. Riêng linh kiện điện tử xuất khẩu qua Campuchia được nhập lậu về Việt Nam bằng cách gửi xe khách.
Dũng và Lưu Thị Ngát (Giám đốc Công ty Khánh Hưng) thành lập, sử dụng 16 công ty “ma”, xuất hóa đơn GTGT khống để hợp thức hóa đầu vào cho Công ty Sài Gòn Tây Nam, Công ty CP Phát triển nhà Thủ Đức, Công ty Hoàng Nam Anh để các công ty này xuất khẩu và hoàn thuế GTGT. Khi tiền hàng và 10% tiền thuế GTGT được chuyển về tài khoản của 16 công ty “ma”, Dũng chỉ đạo các đối tượng là nhân viên, người quen, lao động tự do rút tiền, chuyển tiền, nộp tiền... Sau đó, làm thủ tục kê khai khống hàng hóa đầu vào để các công ty “ma” được khấu trừ, không phải nộp khoảng 9,9% tiền thuế GTGT.
Ngát móc nối và đưa hối lộ cho cán bộ Chi Cục Thuế quận 1, quận 3, quận 5 để các công ty “ma” hoạt động bán hóa đơn GTGT, kê khai khống hàng hóa đầu vào để được khấu trừ thuế. Quá trình điều tra, Dũng bỏ trốn nên Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định truy nã và thông báo truy nã quốc tế.
Về phía Công ty CP Phát triển nhà Thủ Đức , kết luận điều tra nêu, Thuduc House không thực hiện việc kinh doanh hàng hóa linh kiện điện tử (lĩnh vực kinh doanh chính là nhà ở, bất động sản), nhưng vì hám lợi, bất chấp quy định pháp luật, đã ký hợp thức hóa hợp đồng mua bán, xuất khẩu linh kiện điện tử, nhận tiền theo chỉ định, lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế trái quy định, giúp Trịnh Tiến Dũng (đối tượng chính chủ mưu cầm đầu phạm tội trong vụ án hiện đã bỏ trốn đang truy nã quốc tế) chiếm đoạt tiền của Nhà nước trên 365 tỷ đồng.
Hành vi của nhóm các bị can cựu lãnh đạo, cán bộ Thuduc House là Nguyễn Vũ Bảo Hoàng , Nguyễn Ngọc Trường Chinh (cựu phó Tổng giám đốc), Quan Minh Tuấn (cựu Trưởng phòng Kế toán ngân quỹ) và Nguyễn Thị Bích Ngọc (cựu Trưởng phòng kinh doanh) đã phạm vào tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Cụ thể, Nguyễn Vũ Bảo Hoàng, cùng các đồng phạm đã lừa đảo chiếm đoạt của nhà nước hơn 538 tỷ đồng tiền thuế GTGT; vận chuyển trái phép gần 51,7 triệu USD (tương đương 1.205 tỷ đồng) từ Việt Nam ra nước ngoài và hơn 22,7 triệu USD (tương đương 528 tỷ đồng) từ nước ngoài về Việt Nam; buôn lậu hàng hóa trị giá 2,8 tỷ đồng; nhận hối lộ 7,4 tỷ đồng; sản xuất, buôn bán hàng giá trị giá 986 tỷ đồng...
Tại Cơ quan điều tra, bị can Hoàng khai nhận, được thuộc cấp báo cáo chủ trương kinh doanh linh kiện điện tử và đã đồng ý. Quá trình thực hiện, Hoàng và cấp phó có hàng trăm hợp đồng mua bán, xuất khẩu hàng hóa, không đàm phán với đối tác trong và ngoài nước.
Tuy nhiên, vẫn sử dụng các hồ sơ này, cam kết việc Công ty Nhà Thủ Đức kinh doanh thật mặt hàng này để đề nghị Cục thuế TP. Hồ Chí Minh hoàn thuế giá trị gia tăng.
