Khu đất 30,106ha thuộc dự án Khu Dân cư và Du lịch - Văn hóa - Giải trí (tên thương mại Lakeview City), tọa lạc tại phường An Phú, quận 2 (nay là thành phố Thủ Đức) do Công ty Thế kỷ 21 làm chủ đầu tư.
Theo Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 12/4/2004, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 1578/QĐ-UB về thu hồi và tạm giao đất cho Công ty Thế kỷ 21 để tiến hành bồi thường, giải phóng mặt bằng tại phường Bình Khánh, Bình Trưng Tây, quận 2.
Đến ngày 31/5/2010, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 2405/QĐ-UBND về giao đất cho Công ty Thế kỷ 21 để đầu tư xây dựng khu nhà ở tái định cư tại phường Bình Khánh, quận 2. Ngày 24/3/2016, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 1392/QĐ-UBND về duyệt phương án giá đất theo thị trường đối với khu đất hơn 30,2ha tại phường Bình Khánh, quận 2 và khu đất 30.106ha Nam Rạch Chiếc, phường An Phú, quận 2 để giải quyết hoán đổi cho Công ty Thế kỷ 21 (trong đó xác định nghĩa vụ tài chính Công ty phải thực hiện sau khi hoán đổi là hơn 52,68 tỷ đồng).
Thực hiện Quyết định nêu trên, ngày 28/3/2016, Cục Thuế phát hành Thông báo nộp tiền sử dụng đất số 3343/TB-CT với số tiền sử dụng đất phải nộp là hơn 52,68 tỷ đồng. Và ngày 01/4/2016, Công ty đã nộp đủ số tiền nêu trên. Ngày 18/4/2017, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 1812/QĐ-UBND về việc chấp hành cho Công ty Thế kỷ 21 sử dụng đất tại phường An Phú, quận 2 để đầu tư dự án Khu Dân cư và Du lịch - Văn hóa - Giải trí (thuộc khu dân cư Nam Rạch Chiếc).
Ngày 27/12/2017, UBND Thành phố Hồ Chí Minh phát hành Công văn số 8053/UBND-ĐT (khẩn) gửi Cục Thuế về việc xử lý tạm nộp tiền sử dụng đất (trong đó có dự án Lakeview City, phường An Phú, quận 2, tạm nộp 80 tỷ đồng). Thực hiện công văn này, ngày 29/12/2017, Cục Thuế phát hành Thông báo tạm nộp tiền sử dụng đất số 18938/TB-CT với số tiền sử dụng đất phải nộp là 80 tỷ đồng. Cùng ngày, Công ty đã thực hiện nộp đủ số tiền nêu trên.
Đến ngày 28/12/2018, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 6002/QĐ-UBND về thu hồi, hủy bỏ Quyết định số 1392/QĐ-UBND (ngày 24/3/2016). Thực hiện Quyết định này, ngày 13/3/2019, Cục Thuế phát hành Văn bản số 2154/CT-KTTĐ về thu hồi, hủy bỏ thông báo nộp tiền sử dụng đất số 3343/TB-CT (ngày 28/3/2016) để thực hiện hoàn trả cho Công ty theo quy định. Ngày 16/12/2020, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 4624/QĐ-UBND về chấm dứt việc giao khu đất hơn 30,2ha tại phường Bình Khánh, quận 2 cho Công ty Thế kỷ 21 tại Quyết định số 2405/QĐ-UBND ngày 31/5/2010 của UBND thành phố).
Đến ngày 29/12/2020, UBND Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Quyết định số 4777/QĐ-UBND về phê duyệt phương án giá đất đối với khu hơn 30,1 ha thuộc dự án Khu Dân cư và Du lịch - Văn hóa - Giải trí (thuộc khu dân cư Nam Rạch Chiếc), phường An Phú, quận 2 để Công ty Thế kỷ 21 thực hiện nghĩa vụ tài chính.
Căn cứ Quyết định số 1812/QĐ-UBND ngày 18/4/2017 và Quyết định số 4777/QĐ-UBND ngày 29/12/2020 của UBND Thành phố Hồ Chí Minh; Ngày 08/01/2021 Cục Thuế đã ra Thông báo số 268 và 269 với tổng số tiền mà Công ty Thế kỷ 21 phải nộp là hơn 5.175,9 tỷ đồng (trong đó hơn 511,9 tỷ đồng là tiền thuê đất và hơn 4.664 tỷ đồng là tiền sử dụng đất).
Theo Cục trưởng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh Lê Duy Minh, việc thu tiền sử dụng đất được căn cứ theo các quy định của Chính phủ.
Căn cứ hồ sơ, đối chiếu các văn bản nêu trên, Cục trưởng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh kết luận: Nội dung khiếu nại là sai toàn bộ và không công nhận nội dung khiếu nại của Công ty Thế kỷ 21; yêu cầu Công ty thực hiện Thông báo số 268 và 269 của Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh theo quy định.
Nếu không đồng ý với quyết định trên, Công ty Thế kỷ 21 có quyền khiếu nại đến Tổng Cục Thuế hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án theo quy định của pháp luật.
